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离开了关东神奇宝贝学院后，他们的下一个目的地最终被定为了枯叶市。
主要是为了满足小霞和小黄的看大海的愿望，嗯……顺带满足小刚去看大海边美女的愿望。
带着他们共同的目标，大家愉快的踏上旅行。
然而，不出意外的话，意外又发生了。
尽管这次没有智爷这个重度路痴带路，是在小刚一个职责担当的带领下，他们也找不准精确的路线。
毫无疑问又迷路了！
“我的沙滩，我的水系神奇宝贝们，全没了…”小霞瘫倒在地，她的美梦破灭了。
她的目标可是拥有大海的枯叶市啊，而不是因为迷路在这里翻山越岭。
“小霞姐姐……”还是小女孩的小黄安慰着队伍里的大姐姐。
以小霞的脾气，原本是想向拥有地图的小刚抱怨，但一想到旁边还有一个小黄，自己身为姐姐可要表现出一个好榜样。
于是乎，将原本的脾气硬生生给压了回去。
看着几人的表现，他有些不好意思的挠头挠头。
在他们需要自己用波导之力探路的时候，被自己与身体不适的缘故拒绝了，不然众人怎么可能会迷路。
而这一切都是为了原着中的妙蛙种子，他命中注定的妙蛙种子。
为了这一切，他只能由小刚带队，尽量远离官方开辟的道路，寻找位置偏僻的神奇宝贝乡。
“吗那~”
“快看，那里有一只走路草哎！”突然，在小智一行人的前方出现了一只走路草。
娇小的走路草，晃晃悠悠的从草丛当中钻出来，呆萌可爱的样子一下子抓住了两个女孩的眼球。
引来了小霞的一惊一乍。
‘终于找到了’
功夫不负有心人的小智终于等到了他想要见到的神奇宝贝——走路草。
因为他知道，只要跟着走路草，就大概率能够地找到妙蛙种子。
花费了那么长的时间，自己总算来到了的目的地——神奇宝贝乡。
“好可爱，我要收服它！”
被走路草可爱外表迷惑的小霞，抛出自己的精灵球。
走路草自然不是小智的菜，不过他能够为自己引来妙蛙种子。
而且走路草可是会进化成臭臭花，就颜值方面，这可不是很能打。
“宝石海星，使出水枪。”
胆小的走路草想要往身后逃跑，但宝石海星恰好挡在了想要逃跑的走路草的方向，然后就是一发水枪攻击。
“嘛那~”
走路草被宝石海星的水枪放倒了，慌慌张张的想要站起来。
明明草系对水系有很高的抗性，结果宝石海星的水枪竟然打得走路草毫无反抗之力，最后更是被一个冲击直接放倒。
“去吧，神奇宝贝球！”
“达奈！”
突然间，草丛中蹿出了另一只神奇宝贝，是一只妙蛙种子！
它只是一道藤鞭就精准的将小霞的宝贝球抽飞。
先给宝石海星吃了几发藤鞭，紧接着一个撞击，宝石海星就失去了战斗能力。
看这伤害，就知道这只妙蛙种子有着不俗的战斗力。
“达~奈~”
妙蛙种子的前肢不安分的刨着地面，随时准备撞击的趋势。
看这架势，只要一言不合就开打。
‘妙蛙种子来了’
他的出现瞬间引起了想要扔球的举动，直接将它收服，然后带走。
不过仔细想了想，他还是放弃了自己此番举动。
这只妙蛙种子在神奇宝贝乡还有着自己的责任，自己强行把他带走，无疑会伤害两人之间的感情。
还是跟原剧情一样，自己悄悄地跟上去，培养一些感情后再将他带走。
自己身为训练家，就应该给每一只神奇宝贝都应有的尊重。
理清了其中的思路，小智散发出自己的波导，让妙蛙种子冷静下来。
“刚才小霞是想要收服走路草，并没有要欺负它，你不用抱有太大敌意。”
小智拿出了包里草系神奇宝贝爱吃的能量方块，轻轻地走到它面前。
蹲下身子，一点点用手推了过去，
“这个算作赔礼。”
皮卡皮卡~
一时之间，妙蛙种子也没有轻举妄动，它能感觉得出来，这个黄皮耗子有些不好惹。
强迫自己冷静下来，牢牢盯着他们两个，才拿出一颗能量方块嗅嗅，感觉没有问题后浅尝一下。
“达那~”
妙蛙种子的眼睛冒出亮光，再多尝了几口之后就没有继续吃下去。
而是用自己灵活的用藤鞭将食物卷了回去，将剩下的能量方块都推给了走路草。
“嘛那！”
吃下能量方块的走路草重新恢复了点精神，蹦蹦跳跳的钻入了草丛不见踪影。
妙蛙种子一边放出藤鞭警戒，一边倒退着，最后也消失在了草丛当中。
“小智哥哥，刚刚那是妙蛙种子耶，你不捕捉吗？”
在野外能够遇到野生的御三家，这可非常罕见，她也知道御三家的珍贵，可是要交好多钱才能获得的。
“我对这只妙蛙种子很感兴趣，但他似乎有职责在身。”小智一边向草丛当中走一边解释道，
“相信你们也看出来吧，刚刚那只早走路草太弱了，如果不是有妙蛙种子的保护，刚刚就被小霞收服了。”
“我很好奇这其中的隐情，想要知道这其中有什么原因指得妙，蛙种子尽心尽力的保护。”
“真不愧是小智啊。”小霞叹道，“就是可惜了，我的走路草。”
“走吧。”
小智带着两人一阵拐弯，利用波导紧紧的跟在妙蛙种子之后，向着神奇宝贝乡走去，寻找神奇宝贝疗养院。
一路上经过了妙蛙种子布置的一大堆陷阱，不过这一切都逃不过小智波导之力的感知。
小智成功带着众人度过这些危险的陷阱，来到了那个神秘的神奇宝贝疗养院。
“你们是…”
出现在小智面前的是疗养院的主人——小翠，也是一个成熟漂亮的大姐姐。
“我是来自真新镇的小智，这是我的伙伴皮卡丘，目前正在旅行。”肩上的黄皮耗子也打声招呼。
“我是小霞……”
众人一一介绍自己。
“我是小刚，想要和美丽的小翠小姐一起探讨一下……”
小刚单膝下跪想要牵住小翠的手，但是又被小霞单手拉开了，留下一脸无奈的众人。
小黄也是渐渐的习惯了小刚的性格。
小智简单介绍了一下他们到这里的原因。
“我叫做小翠，很高兴遇到你们。”
“好多神奇宝贝啊~这些全是你的神奇宝贝吗？”
小霞很吃惊的看着正在小院里嬉戏打闹的神奇宝贝，很是吃惊。
“呵呵~不是的。我这里算是个神奇宝贝疗养场吧！在战斗中受伤或被抛弃的神奇宝贝会跑来这里，修养自己身心受到的创伤。”小翠解释道。
“小智，我想要和小翠小姐交流一阵子好吗？”小刚问道，
“小翠小姐精通民间疗法，而且对解毒和药草的知识很有一套呢。”小刚一脸郑重的解释道。
脸上写满了正经，但是包括小黄在内的众人都不敢相信他的鬼话。
就在这个时候，小霞发现了之前的走路草，连忙跑了过去。
“刚才对你出手，真对不起，我们一群人向你挑战，你一定很怕吧？”小霞一脸温柔地向走路草包说抱歉，很难想象他也有这么温柔的一面。
小智一行人就这么安安静静地看着。
“皮卡丘，拦住妙蛙种子！”
小霞正在安抚走路草，但和原来一样，妙蛙种子又突然冲出来，误以为走路草受到欺负，想要赶跑小霞。
“皮卡！”
皮卡丘拦在了妙蛙种子面前，妙蛙种子的攻击。
“妙蛙种子你太冲动了，小霞刚才是在向走路草道歉。”小智上前阻止了争端，“小霞，你没事吧？”
“我没事，谢谢你，小智！还有皮卡丘。”
“对不起！妙蛙种子其实是在保护走路草，它不是有意想要攻击小霞的！”
知道原因的小翠连忙过来说道，“它是这个村子的保镖，保护着这里的神奇宝贝不会受到攻击……”
小翠话没说完，一个巨大的机器从天而降！
“你们是什么人？”第一次遇到这三人组，小翠不解的问道。
而火箭队听到了什么人，也是继续说出了他们的经典台词。
“这里的神奇宝贝都归我们火箭队了，啊哈哈哈！”火箭队三人组一脸得意。
同时，这个大型吸尘器的巨大管子开始疯狂的吸气，想要将所有的神奇宝贝都吸进去。
走路草甚至一不小心被吸飞了起来，如果不是妙蛙种子用藤编缠住它，就被火箭队给抓走。
“大家快点进屋子！”小翠焦急喊道。
可是这并不是一个好办法，只见火箭队将管子对准了小木屋，似乎想要连房屋一起吸走。
“妙蛙种子，就拜托你了，只要我们合力才能解决这次危机。”
小智用波导，将自己的心意传递给妙蛙种子，可以让它感受到小智的真诚。
妙蛙种子重重点头，表示同暂时认可的。
“好，拜托妙蛙种子你使出藤鞭，改变这个吸尘器的方向。”
两根藤蔓触手从妙蛙种子的种子包上出现，不断的拍打着这个巨大的管子，让他难以对准小木屋。
妙蛙种子成功地将火箭队的巨型机器给牵制住了。
“比比鸟，就决定是你了！”召唤出许久不见的比比鸟。
“使出烈暴风！”
小智让比比鸟使出烈暴风的吸尘器的进行抵抗，然而两股强大的风力并没有这样抵消。
反而是形成了一股龙卷风，直接向火箭队三人组冲去。
而巨大的机器承受不住风力，被这股龙卷风吹的解体，成为了一块块零件。
“好讨厌的感觉！”而火箭队也被这股风给吹向空中，在他们心里留下万般不甘。
“非常感谢你们合力将他们打跑了。”小翠对小智说道。“而且妙蛙种子也很信任小智呢！”
看着下方的妙蛙种子，小翠很开心的开口。
“都是妙蛙种子和比比鸟的功劳啦，他们两个都是很棒的家伙！”小智笑着说道。
“小智，我能拜托你一件事情吗？”这时候小翠说道，“请你带走妙蛙种子，让他看看更广阔的世界。”
“带走？你难道是希望我收服妙蛙种子。”小智装出很意外的表情，明知故问道。
“没错！”小翠点点头，“我希望你带妙蛙种子去看看外面的世界，它不该一辈子在这里当一个保镖，它还能够成长的更加茁壮！小智，拜托了！”
“可是，它如果走了，这里的神奇宝贝该怎么办？”看着外边的神奇宝贝，小黄有些有些担心。
“没关系的，神奇宝贝们是不能够永远停留在这个地方的，”小翠说道。
“这里有些神奇宝贝早就已经康复了，但可能是因为住的太过舒服，再加上有着妙蛙种子的保护，它们竟然不愿意回去外面的世界了！”
“我希望这里能够成为神奇宝贝们休息的场所，但是我也由衷的希望他们能够回到大自然，拥有自己的生活，而不是依赖妙蛙种子的保护。”
话都说到这里了，小智也就没有故故作托词。
“我明白了。”小智点点头，“那么，妙蛙种子，你愿意跟我一起走吗？我们一起见识一下更为广阔的天空。”
“达奈…”妙蛙种子有些为难地看着两人，一时之间有些犹豫。
“去吧，妙蛙种子！不用担心我！你也很喜欢小智吧！刚刚你们和小智一起合伙赶跑坏人，相信你们会成为一对很不错的搭档。”
小翠对这着犹豫不决地妙蛙种子说道。
“达奈…达奈！”见状，妙蛙种子放下自己的担忧。
妙蛙种子对着小智重重的点了点头，表示自己同意了，然后一把扑进了小智的怀里。
小智开心的抱着妙蛙种子，欢迎这个新成员。
“那么，今后就请多指教了哦！”
“皮卡丘！”
“达奈！”
“又有新同伴了，小智哥哥真棒。”小黄双手合十，一脸高兴的样子。
“真是令人羡慕的感情！”小霞感叹道。
“是啊，这才是真正揭示训练家和神奇宝贝美好关系的一幕，真是有小智的作风。”
就这样，妙蛙种子成功加入队伍！