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和萨摩藩的贸易完成后，终究是要回归目前岛内局势，自中秋节后，势力大增的穿越者再度派人南下或北上抗疫，并带上了现代病毒培养相关的物资，这将大大加强牛痘疫苗的普及，万余人份额的牛痘疫苗（牛痘病毒），在现代物资的支持下，一个月内足以完成大规模的分离培养制取。
十月，天花大流行，北方淡水城人口少，少数感染天花的也是从新港城派过去的移民们，穿越者们丝毫无损，因此北方只需要运过去少量疫苗便可以解决，同时在元老院的决定下解除淡水城的封锁，开港通市。
而南方各县天花泛滥，牛痘疫苗只能优先供给各港口以及最严重的村落聚居地，但哪怕是有牛痘疫苗的情况下，死亡依旧不可避免，初期穿越者对南部的组织能力不够，各县实际情况未能完全掌握，等到一批又一批的痘师派出去后，元老院才完全掌握了南部各县移民们的真实情况，触目惊心。
已是收获的季节，有些天花未曾波及的地方村落早已封锁各村口，按照元老院指示，严防死守陌生人进入，同时各村皆全力组织青壮收割，而天花泛滥的村落，因元老院下令禁止人口流通，病人都转移至村落外建茅草屋将养，一时间稍微遏制些许，但终究损伤不少人力。
之后元老院下令，优先给先前从各港口招募的民兵们接种疫苗，再由驻防当地的穿越者营长带领下进入各村帮助收割，同各村的村长好说歹说后才让其明白这些人是来帮助抢收的，不是趁火打劫之人，同时按照村子里的人头数实发纸币至个人，想来只要疫情结束，新港城的威望必然不像之前那样只能影响各港口区域，将深入各县远离海边的村落。
此时的云林县北部彰化平原，地处台湾西海岸的中部，浊水溪以北，大安溪以南。东临大肚山台地与八卦山台地，与台南嘉东平原隔浊水溪相对。地块略呈三角形。南北长约68公里，北部宽约5公里，南部宽约34公里，面积约900平方公里。海拔不足100米。彰化平原的形状，近似一个等边三角形，平原坦荡，土壤肥沃，平原北部背靠地势险要的八卦山，面向沃野良田，把守着台中盆地的出口，成为南来北往的咽喉，是由台中盆地进入彰化平原的首经之地。
彰化平原北部靠海区域有一港口名为鹿港，因中部地区昔日多鹿，鹿港为鹿群经常聚集之地，从荷兰据台至清初，鹿群遍布，鹿皮的买卖为全台最盛之地，故当地汉人也有称此地为鹿仔港者。
而荷兰据台时期，荷兰人的视线只有台南的区域以及魍港等地，浑然不知鹿港的存在，而穿越者们必然不会犯此错误，自从南部各地设县后，元老院虽然未在此地设县，但还是是由云林县派人暂管，自接管此地后，当地汉人们倒是未有多少反抗情绪，只要不涉及根本利益，还有一口饭吃，底层人是不会想着反抗的，可有些人自己大鱼大肉却巴不得底层这些拖后腿的穷人都消失了才好，却不想想自己往上数几代也是从下面爬上来的，自己的吃喝也是靠下面的税收供给的。
鹿港一带，原来是平埔族巴布萨族的聚落所在地，平埔族的狩猎对象鹿和山猪为主，捕鹿也是岁末时最重要的部落活动之一。
鹿港的东南面，便是是一望无际的彰化平原。此地引浊水溪的水灌溉的水稻，其米煮饭又香又黏，后世是台湾重要的水稻产区。水稻种植面积大约占耕地的50%-80％，而双季稻占水稻种植面积的80％一100％。后世的彰化县地区年产稻米约40万吨，素有“台湾米仓”之称。
此时的彰化之地，依旧是一幅原始面貌，土著部落和移民村落星罗棋布于彰化平原之上，疟疾、各类热带病、血吸虫、天花等疾病每年都会带走不少人的性命，而当地的土著们的收入主要便是靠捕猎以及种植，捕猎获得的鹿皮常年有商人收购，而种植方面也从移民们身上学到了不少耕种相关的知识，至少不再是像北部的土著那样种子撒下去，收成全靠天意。
彰化平原地区的天花自鹿港逐渐向南北传播，鹿港第一时间沦陷并被元老院封锁，准进不准出，因离海边较近，且水系发达，倒是方便痘师们深入此地各移民村落接种疫苗，而有些离鹿港不远的土著村落，例如离鹿港最近的马芝遴社便深受其害，更远的还有东螺社、西螺社、二林社、眉里社、半线社、柴仔坑社、阿束社、猫雾捒社，也因交易鹿皮之故，或多或少的接触过鹿港或是当地移民，均有不同程度的感染。（天花这东西的传染性真的点满了，感染病毒者的唾液中病毒含量是最高的，是人类历史上传染性最强的疾病之一，看看新冠的传染速度就知道，二者传染方式有不少类似的，如飞沫传染等）
后世各土著部落根据汉化程度被分为生番熟番，但对此时的穿越者们而言，这土著们全都是生番，习俗完全不同，将来的同化过程必然艰难，而目前的疫苗必然优先供给中原或是其余地区的移民，之后才会考虑各地商人以及土著，但土著们可不会坐着等死。
十月中旬，第一批支援彰化的痘师在穿越者的领导下前往彰化，以鹿港为彰化大本营，穿越者医生和部分士兵坐镇鹿港，带来的痘师们在剩余武装部士兵和民兵的保护下前往各村落，目标直指此地民心，此事过后，想来彰化也能开始设县事宜，并直接由新港城直辖。
等到十月末，依靠新港强大的后勤保障，最高70km/小时的水路运输速度，全台各地大型移民村聚落点都已完成接种事宜，只剩下极少部分疫情未大规模爆发，未曾接种的偏远村落。最大程度保存民力，同时元老院主导下，接种疫苗时完成了第一次人口普查。
全台除穿越者外移民人口共18661人，北方淡水城221人，新港城移民4533人，彰化移民2832人，云林移民3227人，嘉义县2588人，安平城3471人，凤山县为新设，当地垦殖基础不足，人数最少，共1789人。
人口正普查完成时，一同呈上元老院商议的还有鹿港附近发生的大事，新港附近村落接种不久后的村民，被马芝遴社之人强掳去，同时有两名痘师被抓去。
穿越者医生和痘师们在南部各地威望日隆，一呼百应之下，召集了不少人前去讨要村民与痘师，最终马芝遴社归还人员，村民倒是无事，但一名痘师已重伤不治，纵使用上现代医药也是无力回天，另一名痘师在被严刑逼迫之下不得不违背元老院禁令采集被掳村民手臂上的牛痘浓浆接种至土著身上，从此接种之法流传出去，此后彰化之地，时有村落遭受土著进犯，主要是一些没有痘种的土著们为了抢夺已种好痘的村民，目标便是村民们手臂上的痘种，同时顺势抢夺粮食耕牛，烧杀掳掠的也有不少。