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时光如梭，一年的时间快过了，小智和星已经到了可以领精灵探险的年纪。
星的超能力升级到了3阶。学会了透视，治疗，精神力攻击等能力。大木博士还带他去了精灵联盟，做了三级能力者登记，领了个证。李星也一直在锻炼身体，现在种族值已经和小火龙差不多了，这其中球球无时无刻的监督和催促起了主要原因，毕竟李星是个宅男胖子，对于锻炼没什么兴趣，就是知道自己是救世主需要好身体也不是一时半刻就能改掉懒惰习惯的。
李星了解到一件事情，十年前各个地区发展了精灵互换活动，各种精灵不再完全分布于原来的地区，被人类有计划带到各个地区繁殖，简单地说就是现在的关东精灵分布为魂银版和心金版和以前各版本混合的。
星在大木研究所帮忙，收获可不小，两只精灵是他最大的收获。
两只精灵一只是刚比兽，卡比兽的退化型，星降服它很简单，星学习制作精灵食品，做出来就给研究所里的精灵试吃，卡比兽一族出了名的能吃爱吃，这只刚比兽就迈着四方步一直跟在星的身后讨饭，日子一久就和星混熟了，星就问大木博士能不能带它走，大木博士说这是训练家那里出生的第二代精灵，放到他这里就是让自己给找个主人。于是大木博士就送了个精灵球让星带走了刚比兽。
另外一只就有些戏剧性了，
那天星找大木博士汇报工作，后面跟着刚比兽。结果离老远就听见他所在的研究室里吵吵嚷嚷。
“精灵跑哪去了，找到了吗？”
“哪里看得见，对了，装那只精灵的精灵球呢？”
“糟糕，刚才混乱的时候那精灵球滚到仪器下面去了，谁找个东西来掏掏。”
“我看见精灵了，在墙壁上。”
“什么眼神，那是挂钟，你的眼镜呢？”
“刚才混乱的时候被一个小平头打碎了，对了，我的眼镜就是你丫打碎的，你赔我刚配的金丝眼镜！”
“在这呢，找到了，怎么抓不住？”
“你看书看傻了，这精灵是鬼系的，能用网兜抓到吗？只能用精灵抓。看我的，出来吧，比比鸟。……靠研究所里不能带精灵，我的比比鸟在外边呢。”
“废话，才跑了一只就搞成这样，研究所里要是能带精灵那可就“热闹”了！”
“精灵又跑了，抓啊。”
正当李星不知道怎么回事的时候，一只死灵假面从研究室里逃出来，逃到李星身后，李星用意识和它交流一下明白了原委，这只死灵假面大木博士为了研究特性木乃伊托别人抓的，没有经过和主人的感情磨合，十分害怕人类，一传送过来就被一堆人做实验研究，死灵假面就吓得逃跑了，研究员当然要抓，结果实验室被搞得天翻地覆。
正当李星安抚死灵假面的时候，大木博士和被拖把，椅子等“武装”起来的研究员出现在走廊上。
大木博士看见了李星和他身后的死灵假面，大概知道了原委，灵机一动问道；“小星你能不能劝服你身后的死灵假面配合实验？实验完了我将它送给你。”
李星义正词严的说道：“您是为了研究精灵做实验我可以劝服它配合，不过您是著名精灵学者，应该知道在研究中尊重精灵的意愿。这不用我告诉您吧。”
大木博士道歉道：“这次是我太着急，我一会向死灵假面道歉，请你劝服它配合实验。”
李星回答：“今天这家伙吓坏了，得休息休息，明天再做实验吧，我先走了。”
大木博士知道自己这回做得不对，所以任他去了。
旁边有的研究员问：“那孩子是谁，怎么能带精灵进来。”
另外一个研究员回答：“那是大木博士请来帮忙的小孩，什么东西都是一学就会，特别聪明，待人还和善，更厉害的是所有精灵一见那家伙就像猫一样乖，绝对不会暴走。所以这规定他不用遵守。”
实验顺利完成后，死灵假面成了李星的新伙伴。李星看着在自己四周飘来飘去的死灵假面，吐槽道：“还是在神奇宝贝世界混得好，都快混出棺材了，不怕暴尸荒野，就是有点不吉利。”
时间到了领精灵出发的当天，初始精灵们昨天就送来了，李星昨天帮着照顾这些初始精灵，所以住在大木研究所没回家。不过他内心倒是有个疑惑，这些精灵是政府统一培育，按每个镇的人头发放，种类当然还是小火龙，妙蛙种子，杰米龟三种，孩子们不能选，发到什么算什么，除非统计数字有错否则不会发生精灵不够的情况，那么弟弟小智怎么会没精灵领，只能领比卡丘呢？
早上，他拿了图鉴，又随便拿了个初始精灵球，带着另外两只精灵就要离开，大木博士叫住他：“鉴于你对研究所做的贡献，你应该可以要个自己喜欢的吧，干嘛随便拿一个？”
李星回答：“这样不是走后门了吗，对其他人不公平，况且三种初始精灵我都喜欢，没必要。”
李星说着放出精灵球中的精灵，是一只小火龙。他高兴的说道：“小家伙，以后承蒙照顾了。”于是就带着三只精灵走出研究所。
大木博士看着他的背影，笑道，这小子真有个性。
李星出了研究所进了市区就把精灵收起来，回家向花子告别，结果到家时小智还在睡懒觉，李星想了想没叫醒他。
和花子告别后他坐着公共汽车去真新镇附近的海边21号水路，因为这里有水系精灵玛瑙水母和鲤鱼王可以捉。
但是他刚到海边，手机就响了，大木博士打来的，李星接通手机，手机里传来大木博士愤怒的吼声：“星，都是因为你，我把研究所里最好的比卡丘送人了？”
星不解：“比卡丘送人了，怎么回事，和我有什么关系？”
大木博士回答：“你不是学校的学生，学校自然不会把你加在领取初始精灵的人数中，而且你还来我的研究所帮忙，我潜意识将你当成了研究所的人员，也忘了把你上报了，结果导致初始精灵少了一只，你的弟弟小智最后来领精灵的时候，我只能把研究所里唯一没主的比卡丘给他了。”
原来是这么回事，李星笑道：“那是大木博士你的错误，况且你让我弟弟等几天，告诉政府机关数目有误，让他们补送也可以啊，你死要面子不肯承认自己的错误，怎么能怪我。”
大木博士更生气了，说道：“你这死人妖还敢教训我！”
李星有些生气回答：“你说什么，信不信我现在回去拆了你的研究所。”
大木博士由于抓住了李星的软肋气也消了，阴阳怪气地说：“我好害怕啊！”挂了电话。
“靠”李星骂了一句，放下手机，把手机往空间袋子里一扔，换上创世神给的行头就下海了。刚比兽和死灵假面跟在他后面也下海了。
因为已经学过游泳这次算是驾轻就熟，于是他们在海底里边游泳边寻找精灵。
运气还算不错，游了一会就看见一对精灵，那是鲤鱼王和玛瑙水母在进行切磋，鲤鱼王会飞跳绝招，用高速在玛瑙水母四周乱转寻找时机，玛瑙水母则是使用泡沫光线和酸性炸弹攻击。两个精灵打得有声有色，但是都不下死手。
李星和两只精灵游到它们面前，李星用精神力沟通到：“你们好，我是精灵训练师，你们愿意成为我的伙伴吗。”
两只精灵停下切磋，互相看了一眼，发出回复：“可以，但是请你证明你的实力。”
没说的，李星和自己的精灵商量了一下，李星和死灵假面上场，现在李星的种族值是小火龙水平，并且学会了雷电拳和十万伏特，所以他有把握胜利，李星也关闭了精灵光环，他喜欢公平，所以双方以对等条件对决。
死灵假面对上玛瑙水母，死灵假面很聪明，为了弥补速度的劣势，死灵假面使用奇异之风封锁对手，玛瑙水母躲开了奇异之风，但是失去了使用绝招的时机，死灵假面再次使出黑雾，海水被黑雾染黑，由于看不见对手，玛瑙水母的速度优势失去意义，玛瑙水母最后找到了对手，它使用了毒针击中了对手，不过并没有让死灵假面中毒，死灵假面使用了惊吓击中玛瑙水母，玛瑙水母被打入害怕状态，死灵假面迅速接近害怕中的玛瑙水母，贴着它使用了妖火烧伤了玛瑙水母。然后死灵假面以一记厄运打倒了对手
李星则对上鲤鱼王，这只鲤鱼的速度十分快，并且十分擅长使用弹跳和飞跳中途变速，李星只能用意识空间里游泳练习的经验，猜测其行动轨迹用雷电绝招一击必杀，开始并不顺利李星被飞跳和撞击击中几次，受了一些伤，幸亏李星的学习能力起了作用，渐渐抓住对手的行动轨迹，最后利用飞跳轨迹较大易于预测的缺点，用十万伏特封锁鲤鱼王的躲闪方向，用雷电拳击中鲤鱼王，再几拳让鲤鱼王失去了战斗力。
比赛结束，李星再次征求两只精灵的意见，据他所想，自己第一次亲自和精灵对战已经胜利，两个家伙同意臣服那就好，不同意也就算了。不过两只精灵毫不犹豫的决定被李星收服，这让李星感叹精灵的承诺，真是说一不二。不过和两个精灵的交流，让他知道自己关闭光环的做法也为是他们臣服的原因之一，大部分野生精灵都喜欢公平对决。
李星和他们沟通了一下感情，并了解了这里的情况，据他们所说，这里有鲤鱼王玛瑙水母还有大舌贝和灯笼鱼四类精灵，李星还想要一只技能连锁的大舌贝，于是让鲤鱼王和玛瑙水母带路去寻找大舌贝。走了半天，找到一只符合要求的，还是鲤鱼王和玛瑙水母的熟人，这次李星不用做自我介绍了，不过还是得通过对战收服，，这回李星让刚比兽出场。
这只大舌贝的冰柱针和岩石爆破的交替攻击很强，刚比兽的速度太慢，半天也没接近对手，虽然由于刚比兽的肥脂特性冰柱针对其伤害并不大，但是被动挨打可不好受，李星不由得替刚比兽捏把汗，不过刚比兽在战斗中使用变圆、能量储存、能量吸收，增加防御和恢复自己体力一直坚持着向对手靠近，李星发现了刚比兽的计划，这只大舌贝太相信自己的技能连锁，攻击途中完全不挪地方，刚比兽接近了，使出滚动，大舌贝想借贝壳刃的加速度遁走，不过还是被滚动击中几次，失去了战斗力。
收服了三只水系精灵，李星带着他们回海岸，上岸后然后李星收起全部精灵，进入真新镇，乘坐公交车来到镇子的另一边，准备穿过1号路去常磐市。
到了1号路的无人区，天上就和剧情一样下起雨来，李星将精灵都放出来赶路，打开光环舒缓精灵的疲惫，其他精灵都走的很好，只有鲤鱼王靠跳着走很费力，李星就用语言鼓励他，看它累了就给些吃的，擦伤了就赶紧给它治伤，李星心想为了以后必须让鲤鱼王熟悉陆战，不过李星担心的鲤鱼王没有累垮，它一直不服输的跟着大家。;