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辉长的举动让足利义昭十分恼怒，这让他很是下不来台，于是他立刻派出使者去责备辉长。
辉长直接不见使者，那使者连上田城都没能进去就灰溜溜的回了伊豆。
足利义昭大恼，在伊豆崛越城的大殿里，足利义昭喝问道：“你们觉得这个小笠原辉长是要背叛幕府了吗？居然不听吾的号令！”
三渊藤英皱眉道：“殿下，小笠原信浓守之前并没有什么不妥的举动，您下旨废掉他的管领一职，这说不过去。”
足利义昭怒道：“一开始吾还觉得对不起他，但是现在吾已经看清楚了，他就是个奸贼，狡猾的奸贼，现在是原形毕露。
为什么撤掉他？他小笠原辉长为什么不支援吾兄长，导致吾兄长战死？”
细川藤孝低头道：“殿下，这个理由有些牵强了，这个时候，还是让关东管领出面安抚信浓守吧？”
明智光秀却是说道：“三渊様，细川様，绝不能让关东管领殿出面，此时小笠原信浓守就已经对抗幕府，难道还要继续放任他壮大吗？
在下以为，只需要关东管领殿支持殿下就可以了，上杉殿才是真心对待幕府的啊。
难道两位还没有注意到吗？小笠原信浓守到现在既没有承认三好家扶持的足利义荣，也没有承认殿下为征夷大将军，此人真是司马昭之心，路人皆知了！”
三渊藤英被说服了，在足利义辉死后，小笠原辉长的动作就有些诡异了，对于幕府的反应太过于激烈了。
足利义昭一看大家都不说话了，便说道：“那就把小笠原辉长列为朝敌，与三好长庆一样！”
很快，幕府的指令传达到四方，上杉辉虎也收到了这旨意。
上杉辉虎看到旨意的时候，大惊失色，惊讶道：“辉长様怎么被朝廷列为朝敌了？殿下身边有奸臣！”
宇佐美定满看着上杉辉虎的样子，有些后悔了，当初就应该提醒一下小笠原辉长是个有野心的人。
只是当初小笠原辉长和他之间密谋都有利于上杉家，他才引而不发，现在悔之晚矣。
他连忙说道：“主公，幕府撤掉了小笠原信浓守七国管领的职位，这让小笠原信浓守很是生气，违抗了幕府的旨意。”
上杉辉虎皱眉道：“辉长様这么忠贞的臣子，殿下为何要撤掉辉长様的职务？定时朝中有奸臣，我要去向殿下那里为辉长様辩解！”
随后上杉辉虎就启程冒险进入伊豆，抵达崛越城，面见将军足利义昭。
足利义昭见上杉辉虎不请自来，便问道：“你怎么亲自来了？这太危险了。”
上杉辉虎俯身道：“殿下，臣不知您听从谁的流言，但是臣以为，信浓守是武家栋梁，幕府忠臣，您不应该这样对待他。”
足利义昭一愣，脸色有些僵硬，不过他知道上杉辉虎是真正的忠臣，摇头道：“你还没有看出来吗？
吾只是去掉他七国管领的职务，他就反抗幕府旨意了，若是以后他的领国继续增加，恐怕就有了谋反的胆量！”
上杉辉虎连忙辩解道：“殿下，这绝无可能，您难道忘了信浓守的上洛之功了吗？”
足利义昭摇头道：“此一时彼一时，那是吾兄长生前的样子，恐怕小笠原辉长现在因为吾兄长的死，而开始肆无忌惮了！”
上杉辉虎皱眉道：“还请殿下宽恕信浓守的行为，臣会去信浓劝谏信浓守来道歉，还希望殿下允准。”
足利义昭点头道：“好吧，那你就去吧，不过他要幕府宽恕，那就得卸下美浓守护一职。”
上杉辉虎直接从伊豆乘船就到了三河，随后抵达了信浓上田城。
辉长自然不能拒绝上杉辉虎，连忙热情的接待了上杉辉虎。
上杉辉虎看向辉长道：“辉长様怎么就违抗幕府法令了呢？如此还怎么维护大义啊？”
小笠原辉长有些委屈道、“辉虎様，在下可是在东海道，北陆四处征战，只为了帮公方殿下平定叛乱。
但是殿下这无缘无故撤掉在下的职位，这让天下人如何看我？
再说了，大御所并不是只有一个弟弟，凭什么是他崛越公方继位啊？哼，这样的公方让在下寒心。”
上杉辉虎连忙说道：“公方殿下继位，是因为三渊様有大御所临死前的旨意，不然在下也就不会去支持公方殿下继位了。”
足利义辉死时并无后代，历史上的辉若丸并没有出生。
辉长摇头道：“糊涂啊，京畿不还是有周嵩殿下吗？在下已经收到消息，周嵩殿下就在六角家呢。”
上杉辉虎摇头道：“既然已经立了殿下为将军，就不宜在动摇了。”
辉长也不想和辉虎争执太多，只说道：“对于幕府，在下很是失望，现在在下唯一的心思就是平定东海道之后，上洛诛杀三好长庆为大御所报仇。”
上杉辉虎叹了口气道：“幕府那边，在下会尽力为辉长様转圜的。”
辉长点头道：“若是公方殿下执意如此，辉虎様，要以大局为重，先平定这乱世吧。”
随后上杉辉虎就从北信浓那边返回了越后，同时派出使者前往伊豆，继续请求幕府宽恕小笠原辉长。
最后足利义昭松了口，只需要辉长道歉就行，但是辉长鸟都不鸟幕府，继续我行我素。
足利义昭这边彻底将小笠原辉长认定为朝敌。
三好长庆这边得知小笠原辉长和幕府闹翻了，当即偷偷派使者来找辉长商议联手的事情。
并且使者暗示十河一存的遗孀，九条夫人可以嫁给辉长，而熊王丸成为辉长的养子。
辉长想了想九条夫人的养子，但随即就拒绝了。
三好家的使者失望而归。
很快，时间就到了天文二十四年，这一年也是弘治元年，四月，辉长组织一万余常备军攻打甲斐。
今川义元自知唇亡齿寒，立即派兵援助武田晴信，双方再一次在盐川河原交战。
两军一交战，今川、武田两家的足轻队伍就被小笠原军压制，武田军和今川军立刻出动骑兵袭扰两翼。
辉长立刻让两翼的足轻队伍摆出长枪空心阵，里面布置了铁炮部队和国崩。
这让武田、今川两家的骑兵吃了大亏。
好在太原雪斋布置的后手，朝比奈泰能率领的别动队绕过一座山奇袭了辉长的本阵，今川、武田联军就要输了。
朝比奈泰能率领别动队突袭辉长本阵，辉长并没有惊慌，他亲自指挥旗本队防御敌军。
不过敌军众多，辉长不得不亲自拿起十文字枪上阵，一时间大杀四方。
朝比奈泰能的儿子，朝比奈泰朝向辉长叫阵，辉长立马回应，与之进行一骑讨。
双方过招十余回，不分上下，不过朝比奈泰朝还是年纪小了些，气力不足，时间久了落入下风。
朝比奈泰能立刻援救，偷袭辉长，辉长慌乱中拔枪射杀了泰能，而朝比奈泰朝被家臣们救走。
随后别动队在夺回泰能的尸体后，溃败逃走了。
别动队一败，今川、武田联军主力立即后撤，辉长一路追击，拿下了防御极弱的踯躅崎馆。
随后两家联军分裂，武田晴信往甲斐东部的小山田家走，今川义元一怒之下退回了骏河。
辉长大喜立刻集结所有兵力猛攻小山田家的居城，小山田信茂为了保全家名，暗地里投靠了辉长。
在四月底的一天晚上，小山田信茂指使家臣打开了城门，小笠原军一拥而入，直接打垮了武田军，一路杀上本丸。
武田晴信大为惊怒，最后自焚于院子里。
一些家臣保护武田义信突围，死于乱军之中。
随后辉长就让自己的第三子，也就是小笠原秋月生的第二个儿子继承了武田家的家名，成为新的甲斐守护。
如此辉长掌握八个领国，令周边势力震动。
足利义昭更是惊慌，连忙派使者告诉上杉辉虎，希望他可以遏制小笠原辉长。
上杉辉虎无奈，只能写信给辉长，希望他可以安抚一下足利义昭。
辉长自然是想上杉辉虎解释了一下，然后派出使者向朝廷献礼。
攻占了甲斐的辉长暂时停止了征伐，而是管理甲斐，并且修缮踯躅崎馆。
时间很快到了十月，太原雪斋在今川馆病逝。
辉长顿时大喜，今川义元手下量大臂膀尽皆失去，同时今川义元又丢掉了三河，失去盟友武田晴信，如今已经是辉长嘴边的肥肉了。
不过已经是十月，并且之前灭了武田花费了不少军费，所以辉长并没有在这个时候出兵。
在这个时候，今川义元向伊豆的足利义昭降服，并且宣称小笠原辉长有推翻幕府的野心。
足利义昭对于小笠原辉长的强势也很担忧，他问自己的家臣道：“小笠原信浓守已经八个领国，治下领地两百万石还多，如今何人是他对手？”
明智光秀直言道：“以属下看来，这天下能与小笠原信浓守一较长短的就只有上杉殿了。
殿下，现在必须呼吁关东的国人停止征伐，一起讨伐小笠原信浓守。”
已经投降幕府的今川义元率先说道：“殿下，臣可以说服北条家当主幕府效忠！”
足利义昭大喜道：“好，那便如此去办！”
今川义元立刻动身，前往相模面见了北条氏政。
北条氏政见今川义元亲至，很是恭敬道：“不知今川殿前来所为何事？”
今川义元说道：“北条殿，如今小笠原辉长势不可挡，就连武田家都被他给灭了。
现在幕府根本就管不了小笠原辉长，而关东管领还认为小笠原辉长是忠臣。
不过殿下希望我们团结起来，一起攻打小笠原辉长遏制他的发展，不然我们都会是他的囊中之物了。”
北条氏政点头道：“其实在下也是这么想的，若是真能组成联军一起对抗小笠原辉长，那真是天下幸事。”
今川义元大喜，立马拿着北条氏政写下的书信返回伊豆。
足利义昭大喜，立刻写信希望上杉辉虎来幕府议事。
这时候，明智光秀建议还需要说服古河公方，这样，关东东南部的国人也会参与进来。
同时明智光秀说道：“小笠原信浓守的敌人很多，不仅仅是我们关东，京畿的长岛本愿寺被信浓守击败过，北陆的加贺越中一向一揆被信浓守击败过。
同时还有京畿的三好家也是信浓守的敌人，让这些人一起攻打，我等东西北三面夹击，必能击败小笠原！”
足利义昭大喜，立刻写下诏书号召天下大名一起攻伐朝敌小笠原辉长。
这让上杉辉虎大惊失色，连忙跑来幕府议事，结果，整个大广间里，只有他认为辉长是忠臣。
在足利义昭的命令下，他成为了关东方面讨伐小笠原家的总大将。
至于本愿寺，立刻声讨小笠原辉长，并且表示愿意共击小笠原家。
不过三好家却是否定了足利义昭的诏书，而是以足利义荣的命令下达了讨伐小笠原辉长的指令。
这让足利义昭气的牙痒痒，他叫嚣着，以后一定要打到京畿灭了三好家。
在各方势力串联中，时间慢慢过去，辉长在这些时间里训练一万五千常备足轻，加上之前的一万多，小笠原家军队多达两万七的常备部队。
算上家臣们的军役，那就是四万五千大军。
不过关东方面的联军就有七八万，辉长在兵力方面还是处于劣势的。
弘治二年，八月，足利义昭亲征，任命上杉辉虎为总大将，征讨朝敌小笠原辉长。
大军分三路，下路是今川义元率领的大军，联合水军一起攻打三河尾张。
一路是三渊藤英、细川藤孝、明智光秀一起的中路军，攻打甲斐国。
上路就是总大将上杉辉虎率领的联军主力四万人，从越后进攻信浓。
辉长当即让清水康英作为下路方面军总大将抵抗今川义元大军，真田幸隆驻兵甲斐抵抗幕府中路大军。
辉长自己亲自领兵主力两万在川中岛地区列阵，与幕府联军对阵。