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虽然旗舰的厮杀看似势均力敌，但胜负的天平已渐渐向宋军倾斜。
交趾水军左路军原本试图增援中军，此时已经面临自身难保的窘况，这时两艘宋军大舰如旋风般出现在战场中心，成功阻断了阮蒯旗舰与后方交趾水军战船的联系。援军再也不能顺畅地登上阮蒯的旗舰了。阮蒯不得不就地转入防御。阮蒯的两个儿子只能眼睁睁地看着父亲缓缓陷入重围。中路战场的另一侧，交趾水军军使武宁试图袭击高虎的座船，他身先士卒，不料却被一发火铳射出的弹丸命中，当场阵亡，其部下的士气顿时崩溃。在接舷战中，训练有素的宋军长矛手显示出特别的威力，他们组成长矛方阵在甲板上徐徐推进，碾压一切，敌人或命丧矛头，或只能跳海逃生。由于距离过近，划桨手已经失去了作用，交趾水军战船上的桨手虽未经训练，却也士气高昂地跳出船舱作战，口中高呼：“杀北蛮！”但他们也很快便被宋军击败，惨遭屠戮。
双方旗舰的短兵相接已持续了两刻钟，交趾水军尝试着发起了第二波攻势，但被宋军密集的火力所阻止。这时岳纶手持重剑加入战场，不料混乱中大腿被一支箭射中，但没能洞穿铠甲，因而没有受伤，岳纶回头发现旁边的交趾水军旗舰上阮蒯正用弓弩向他射击，他冷笑了一声，没有去拔箭，而是挥剑加入战斗，有如绞肉机般的接连斩杀了十余名交趾官兵。
随着援军逐步到位，交趾人承受了越来越大的压力。这时又一艘宋军大战船开始向岳纶靠拢，并用其强大火力击退了一切妄图接舷的对手。交趾水军将领陈光启虽然竭尽全力，但此时他的座船尾舵被击毁丧失了动力，本人也已经挂彩，加之惧怕宋军的火炮和铳箭，便扔下主帅，独自上了一条小船撤离战场。其麾下战舰上的交趾水军士兵们纷纷投降。阮蒯已经陷入了绝境。他的儿子们孤注一掷，准备援救父亲，但依然未能如愿。
此时那艘增援的宋军大战船紧贴阮蒯的座船，用密集的火力将它的甲板“耕耘”了一遍，整个上层建筑都被轰击得支离破碎。岳纶顺势组织了反攻。最后的决战在交趾水军旗舰的船楼附近展开。当手下士兵为了躲避弹雨纷纷跳海时，阮蒯还在用弓箭顽强战斗。由于他身上夺目的服饰，因而遭到了宋军重点“照顾”，最后被火铳射出的弹丸击倒，一名宋军士兵砍下了他的首级，并扎在矛尖上示众。于是，战场响起了胜利的欢呼，而阮蒯座船上的“陈”字大黄旗和阮蒯的军旗落下，代之以宋军的旗帜。交趾水军的士气完全崩溃了。
宋军中军开始扫荡整个战场。阮蒯的儿子们全部被俘，余下的残部或投降或逃窜。出于对交趾人复仇的渴望，宋军士兵对大多数交趾残兵及俘虏毫不怜悯，大部分漂浮在海面的敌方落水者均被处死。接着，他们又大肆搜刮了战利品。虽然这是一场大胜，但胜利后宋军士兵们的表现明显有违儒家“仁义”精神。
胜负已分，宋军将士开始大肆搜刮交趾人留下的战利品。此时的海面一片狼藉，到处是燃烧、倾覆的船只，更有一些四处游荡的“幽灵船”（其船员已全部阵亡），让人不寒而栗。
虽然血红的海面有如地狱，但宋军将士们却兴高采烈——战利品实在是太过丰厚，因为交趾人，尤其是交趾将领们，总习惯随船携带大量金银钱物以便随时犒赏部下，激励士气。仅在阮蒯的座船上，宋军就搜到了铜钱5万贯，以及大量的金银细软。
在不过一个时辰的战斗中，交趾军超过40000人被杀，近300艘大小战船被毁，100余艘各类船只被俘获。其中，交趾人俘虏仅有2500余人，多为贵族子弟和女子，大部分的俘虏都被宋军处决。相比之下，宋军的伤亡很小，约有1200余人战死，700余人受伤。在战斗中，宋军的大中型战船没有损失，仅有12艘哨船被毁沉。
打扫战场完毕之后，宋军继续登陆，由于没有了交趾军的抵抗和干扰，仅用了一个时辰，宋军陆军全部上岸完毕，并将大量火炮也运到了岸上。
与此同时，侥幸逃得性命的交趾军陈光启尽力收容了零散突围的交趾军战船，经过清点，整个交趾水军只剩下12艘战船和33艘小船。
范五老目睹了整个白藤江之战的过程和交趾水军的覆灭，鉴于宋军已经上陆，他不敢轻举妄动，只好带着部下百余人隐蔽于附近的山林之中，直到太阳落山才趁宋军没有发现他们悄悄的离开。
“这一次就算把制海权夺过来了是吧？”叶楚楚听了战报之后，对孙珲说道，“我觉得他们再不可能有同样规模的水军了。”
“应该是就这些了。”孙珲点了点头，“可能还有些残余力量，但已经不可能对咱们构成威胁了。”
“孙哥，你怎么知道海湾里有他们埋伏下的那么多木桩子？”肖甜甜偏着头问道。
“是啊，孙哥，你怎么知道的那么清楚？”王琳琳也好奇的问道。
在宋军船队到达白藤江口时，孙珲下令停止前进，让肖甜甜和王琳琳利用她们的力量，将交趾军事先布置在湾口的装有铁尖的木桩尽数拆除，而岸上的那两座对宋军登陆至关重要的栈桥，就是她们俩用这些木桩“废物利用”后的杰作。
“历史上宋军征越和元军征安南，都是在这里吃了木头桩子的大亏的，这一次再不吸取点教训，可就说不过去了。”孙珲笑着告诉她们，在原来的历史上，宋军征越时刘澄部水军就在白藤江为越人打下的木桩所阻而失败，后来元军征安南，也是在这里吃了越人名将陈国峻布下的带铁尖的木桩的埋伏，损失惨重。